„Bemerkenswert ist es auch, dass unser Chor trotz aller Schwierigkeiten während des ganzen Krieges (1939-1945) stets einsatzfähig gewesen ist“ heißt es im Protokoll der Versammlung vom 9. Juli 1946. Zu notieren bleibt allerdings, dass keine Protokolle mehr geschrieben wurden und die Chronik im Mai 1934 schließt. Fest steht, dass die Singgemeinschaft von September 1944 bis Februar 1945 infolge der ständigen Bombenangriffe inaktiv gewesen ist und sie 1940 nur noch 40 aktive Mitglieder hatte. Um den Fortbestand zu sichern, schloss Bönn dem Münsterchor einen Damenchor an, der bis in die fünfziger Jahre des 20. Jahrhunderts ein eigenes Vereinsleben führte.

Weihnachten 1945 nahm Bönn der cäcilianischen Tradition entsprechend mit dem Chor wieder die Gestaltung mehrstimmiger Messen auf: Kompositionen von Karl Kempter (1819-1871) und Ignaz Mitterer erklangen. Bemerkenswert ist die Wiederaufnahme der Erb-Messe „Dona nobis pacem“ zu Ostern 1946.

„So merkte man doch jetzt“, heißt es im Jahresbericht 1946/47, „bei vielen Gelegenheiten, dass ein steter Aufstieg zu verzeichnen war, regelmäßiger Probebesuch und Zuwachs an jungen Sängern, Bekenntnis des Glaubens auch außerhalb der Kirche“.

Unermüdlich waren Josef Bönn und der Organist Aloys Neschen um den Wiederaufbau des Chores bemüht gewesen. 1947 zählte er bereits wieder 45 Herren, 60 Knaben und außerdem 20 Damen.

Im September 1948 hatte der Chor wieder seinen Platz in der Pfarrkirche. Vier Wochen nach dem Tode „eines seiner größten Gönner, Heinrich Potting“, Weihnachten 1948, stand Mozarts Krönungsmesse zum ersten Male im Mittelpunkt des festlichen Gottesdienstes. Zum Osterfest des gleichen Jahres hatten die Sänger Lemachers Papstmesse einstudiert.

Im Bericht zur Jahreshauptversammlung am 27. Februar 1951 stellte der Schriftführer fest, „dass die musikalische Entwicklung des Chores eine aufsteigende Tendenz aufweist, ist ein Verdienst von Musikdirektor Bönn. Aufsteigende Tendenz zeigt sich auch beim Knabenchor, der wieder zu größeren Veranstaltungen herangezogen werden kann". Das ließ Gutes hoffen.

Noch unter der Leitung des Chores durch Bönn wurde am 13. Juli 1952 Propst Josef Kauff als neuer Präses eingeführt. Bis zu seinem Tode am 3. Mai 1984 stand er dem Chor treu zur Seite. Der Chronist notierte 1952 dazu: „Ohne der Zukunft vorgreifen zu wollen, hatten wohl alle Mitglieder den Eindruck, dass der Chor unter der Führung eines solchen Präses um seine Existenz nicht zu bangen braucht“.

Pfingsten 1952 stand mit Bruckners Choralmesse nach langer Zeit wieder eine Erstaufführung auf dem Programm. Zum Patronatsfest hatte man die „Missa regina pacis“ von Lemacher ausgewählt.

In der Phase des Wiederaufbaus wurden 1953 neben vielen Choralmessen rund 14 mehrstimmige Messen in den Gottesdiensten gestaltet. Komponisten waren u.a. Giovanni Battista Casali (1715-1792), Licinio Refice (1883-1954), Goller, Wöss, Erb, Bruckner und Lemacher.

Im August 1955 wurde der Vorsitzende Georg Pudenz zu Grabe getragen. Mit ihm verlor der Chor einen treuen Freund, der immer mit Hingabe für ihn tätig gewesen war und ihm über 20 Jahre gedient hatte. Am 20. November 1956 verabschiedete sich Bönn vom Chor. Am 11. November 1957 verstarb er nach kurzer Krankheit.

In einem Nachruf bekennen die Kirchenchorsänger: „Die großen Vorzüge des vortrefflichen Mannes werden bei uns immer lebendig bleiben. In vorbildlichem Maße durchglüht und getragen von der Liebe zu unserer musica sacra wusste er diese Liebe auch auf die Mitglieder zu übertragen“.

Bis zur Berufung von Viktor Scholz auf den Posten des Münsterorganisten und Chorleiters hatte Aloys Neschen, einer der engsten Mitarbeiter Bönns, die Leitung des Chores übernommen. Er schied im Januar 1958 aus und wurde Rendant der Hauptpfarre. Dem Münsterchor, der ihm Dank schuldet, blieb er in Freundschaft verbunden.

Unter seiner Führung wurde eine Messe von Heinrich Weber (1901-1970), Neschens Lehrer am Aachener Gregoriushaus, in Mönchengladbach uraufgeführt. Trotz aller Schwierigkeiten hat der Chor die Aufgabe mit Erfolg gemeistert.

Am 15. Oktober 1956 wurde der Name des Chores in „Kirchlicher Gesangverein der Hauptpfarre, Münsterchor“ geändert. Nach einer weiteren Namensänderung hieß er „Münsterchor St. Vitus, Kirchenchor der Hauptpfarre Mönchengladbach.

1957 übernahm Arnold Quasten den Vorsitz, nachdem Alex Häuser vorübergehend dieses Amt verwaltet hatte. Unter Quasten wurde der Damenchor in den Münsterchor integriert. Damit endete eine denkwürdige Zeit. Unter Viktor Scholz begann eine neue Entwicklung des Chors.